Институт экономики УрО РАН с целью укрепления позиций в Челябинской области создал Челябинскую лабораторию комплексных экономических исследований ИЭ УНЦ АН СССР, которая была организована в соответствии с Постановлением АН СССР от 08.12.1977 г. № 1259 и Бюро Челябинского обкома КПСС Исполкома областного совета народных депутатов от 09.06.1978 г. № 290. В 1985 г. лаборатория была преобразована в Челябинский сектор Института экономики УрО РАН, который возглавил А. Л. Кушнарь. В 1987 г. после преобразования Челябинского сектора в Челябинский отдел Института экономики УрО РАН возглавил В. Н. Белкин. В 1993 г. Челябинский отдел был преобразован в Челябинский филиал Института экономики УрО РАН. В должности директора филиала В. Н. Белкин проработал до марта 2019 г. С апреля 2019 г. по настоящее время должность директора филиала занимает д. э. н., профессор, заслуженный работник Высшей школы О. В. Артемова. В 2023 г. Челябинскому филиалу Института экономики УрО РАН исполнится 45 лет.

В 2018–2020 гг. общей темой филиала была «Теоретико- методологические основы трудовых отношений в организациях как условие модернизации экономики Российской Федерации». В рамках этой темы были проведены исследования:
— по разработке теоретико-методологических основ повышения трудовой и инновационной активности персонала организаций на основе развития корпоративной культуры;
— разработке теоретико-методологических основ управления инновационным развитием организаций как условие модернизации экономики Российской Федерации;
— развитию теории оппортунистического поведения работников в российских организациях.

С 2021 г. тема научно-исследовательской работы филиала: «Теоретико-методологические подходы к управлению уровнем и качеством жизни населения регионов в условиях технологической трансформации российской экономики». В рамках темы НИР предполагается решить следующие задачи:
— определить теоретико-методологические подходы к управлению качеством жизни населения регионов на новом этапе, связанном с технологической трансформацией экономики и социума;
— разработать методологические подходы и инструментарий оценки уровня и качества жизни населения регионов с учетом этапа технологической трансформации экономики;
— провести типологию и позиционирование регионов по уровню жизни населения на основе разработанных методологических подходов;
— определить основные пути повышения качества трудовой жизни занятого населения региона;
— оценить удовлетворенность населения качеством жизни в регионе на основе разработанного аналитического и социологического инструментария исследований;
— определить основные направления развития социальной инфраструктуры регионов как материальной основы повышения качества жизни населения;
— разработать концепцию управления качеством жизни населения регионов с учетом приоритетов социально-экономической политики, проводимой органами государственной власти и местного самоуправления.

Всего в филиале работает 8 сотрудников, из них 7 научных. Остепененных научных сотрудников – 6 человек, что составляет 86% от общей численности научных сотрудников. Доля молодых сотрудников – 12,5% от общей численности сотрудников филиала.