1986 г. происходит смена руководства, и Институт возглавляет член-корреспондент АН СССР Валерий Петрович Чичканов. М. А. Сергеев сосредоточился на аналитической работе. В целом ИЭ УНЦ АН СССР продолжил укреплять лидерские позиции как в регионалистике, так и в отраслеведении. Однако политика «перестройки», осуществлявшаяся во второй половине 1980-х гг., вносила свои коррективы в направленность и содержание исследований.
В соответствии с решениями XXVII съезда КПСС развернулась работа по разработке стратегии развития Урала в условиях ускорения социально-экономического развития страны на период до 2010 г. Уже в 1986 г. подготовленный ИЭ УНЦ АН СССР научный доклад «Концепция экономического и социального развития Урала на XII пятилетку и до 2005 года» был передан уполномоченному Госплана СССР по УЭР для использования в практических целях.
В июне 1988 г. по инициативе Института Президиум УрО АН СССР принял постановление о разработке научно-исследовательской программы «Ускорение социального и экономического развития Урала», более известной как программа «Урал». Под эгидой программы в 1990 г. под руководством доктора экономических наук Нины Михайловны Ратнер был осуществлен масштабный сбор эмпирического материала, на основе которого была составлена «фотография» параметров развития всех 309 городов и районов в пяти областях и двух республиках, входивших в Уральский экономический район. Обобщение и анализ проводились по тридцати показателям, отражающим все стороны развития производительных сил региона в отраслевом и территориальном разрезах. Подобного рода анализ применительно к крупному экономическому району выполнялся впервые в стране, а его результаты послужили основанием для внесения изменений в методологию анализа регионального воспроизводственного процесса и оценки потенциала территорий.
С началом так называемой радикальной (кардинальной) экономической реформы, инициированной решениями июньского (1987 г.) Пленума ЦК КПСС, Институт взял на себя миссию отлеживать и анализировать ход преобразований. В рамках темы «Теоретические и методологические проблемы хозяйственного механизма» была предложена общая концепция и дано обоснование изменений в системе территориального управления применительно к условиям и особенностям УЭР и входящих в него областей и республик. Особое внимание при этом уделялось развитию экономических методов управления, включая переход на самофинансирование, самообеспечение и территориальный хозяйственный расчет. Для апробации предложений ИЭ УрО АН СССР была выбрана Свердловская область. Далее последовали рекомендации по совершенствованию генеральных схем управления всех областей и республик Урала. Наконец, в 1990 г. предложения Института нашли отражение в вариантах Концепции экономического суверенитета РСФСР, разработанных по поручению Совета Министров РСФСР и направленных в Верховный Совет РСФСР.
Аналогичные подходы предлагались и для совершенствования управления отдельными предприятиями. Целая серия методических рекомендаций была посвящена вопросам перевода предприятий на так называемую вторую форму хозяйственного расчета. Ученые Института доказывали, что эта форма хозрасчета, в отличие от первой, в большей степени обеспечивает сочетание экономических интересов государства, предприятия и каждого члена трудового коллектива, поскольку ее основу составляет принцип «зарабатывания» средств на оплату труда с учетом зависимости их размера от конечных результатов деятельности.
В 1987–1988 гг. происходит существенная трансформация всего организационного механизма академической науки на Урале. Уральский научный центр был преобразован в Уральское отделение АН СССР, и в его составе появились новые институты. В частности, отдел истории выделился в самостоятельный Институт истории и археологии УрО АН СССР. ИЭ УрО АН СССР также выступил в качестве базы для создания Института философии и права УрО АН СССР.
В самом Институте в 1987 г. появились два новых территориальных подразделения в Курганской области и Удмуртской АССР. К 1990 г. была завершена реорганизация системы территориальных подразделений, и все они получили статус отделов социально-экономических исследований. Кроме того, была уточнена специализация отдельных подразделений. Пермский отдел сосредоточился на исследованиях по Комплексной программе НТП, Удмуртский отдел — на анализе проблем агропромышленного комплекса, а Челябинский отдел — на исследованиях по социально-экономическим проблемам труда.
В декабре 1988 г. решением ВАК СССР при ИЭ УрО АН СССР был создан специализированный совет по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора экономических наук по специальностям 08.00.01 — политическая экономия и 08.00.05 — экономика, планирование и организация народным хозяйством. Региональный специализированный совет по присуждению ученой степени кандидата экономических наук провел последние 6 заседаний и прекратил свою работу.
Весной 1990 г. происходит немаловажное событие, связанное с очередной сменой руководства в Институте. Валерий Петрович Чичканов приглашается на пост заместителя Председателя Совета Министров РСФСР и уезжает в Москву. Исполняющим обязанности директора ИЭ УрО АН СССР становится доктор экономических наук, профессор Александр Иванович Татаркин.
