История Челябинского филиала Института экономики УрО РАН началась в 1977 году; в 2023 г. филиалу Института исполнилось 45 лет.
Институт экономики УрО РАН с целью укрепления позиций в Челябинской области создал Челябинскую лабораторию комплексных экономических исследований ИЭ УНЦ АН СССР, которая была организована в соответствии с Постановлением АН СССР от 08.12.1977 г. № 1259 и Бюро Челябинского обкома КПСС Исполкома областного совета народных депутатов от 09.06.1978 г. № 290. В 1985 г. лаборатория была преобразована в Челябинский сектор Института экономики УрО РАН, который возглавил А. Л. Кушнарь. В 1987 г. после преобразования Челябинского сектора в Челябинский отдел Института экономики УрО РАН возглавил В. Н. Белкин. В 1993 г. Челябинский отдел был преобразован в Челябинский филиал Института экономики УрО РАН. В должности директора филиала Владимир Никифорович Белкин проработал до марта 2019 г. В течение более 30 лет под его руководством научный филиал проводил фундаментальные исследования и разработки в области экономической теории труда, развития теории человеческого капитала предприятия, теории качества трудовой жизни, природопользования, макроэкономики, социологии. В рамках хоздоговоров были разработаны и внедрены в 30 организациях различных отраслей и организационно-правовых форм собственности Система «РОСТ» (Рыночная оценка стимулирования труда) и Система «Инновация» (Система инновационной активности персонала). Научные сотрудники проводили исследования по темам грантов РГНФ, РФФИ. По запросу Правительства Челябинской области коллектив филиала в течение многих лет участвовал в разработке Сценариев и Программ социально-экономического развития Челябинской области. 

С апреля 2019 г. по февраль 2023 должность директора филиала занимала д.э.н., профессор, заслуженный работник Высшей школы Ольга Васильевна Артемова. За эти годы филиал закрепил за собой статус ведущего научного центра Челябинской области по общественным наукам, наладил и укрепил взаимодействие с ведущими вузами региона (Челябинский государственный университет, Южно-Уральский государственный университет), Федерацией Независимых Профсоюзов России, а также промышленными предприятиями. Основной фокус научного интереса сотрудников филиала сместился, в соответствии с национальными целями развития и реализуемыми в стране Национальными проектами, в сторону изучения качества жизни населения регионов.

В настоящее время директором филиала является к.э.н, доцент Дмитрий Александрович Плетнёв, автор более 200 научных работ, в том числе более 30 статей в изданиях, индексируемых ведущими мировыми базами, имеет богатый опыт руководства грантовыми проектами (РНФ, РФФИ), в том числе международными. Дмитрий Александрович – главный редактор по направлению Экономические науки научного журнала «Вестник Челябинского государственного университета», член Вольного экономического общества России, Международного союза экономистов, Новой экономической ассоциации, Евразийского общества бизнеса и экономики (EBES), Международной междисциплинарной сети институциональных исследований (WINIR). Сфера его научных интересов – институциональная теория, политическая экономия, территориальное развитие России, теория и практика анализа быстрорастущих фирм («газелей»).