В качестве первого подразделения, правопреемником которого является Центр, можно назвать Сектор совершенствования планирования и управления народным хозяйством Урала, образованный в 1967 г. в структуре Отдела экономических исследований Уральского филиала АН СССР. Помимо этого, своего рода предшественниками входящего в состав Центра Сектора социальных инноваций являются два сектора социологического профиля, образованные в 1965 г.

После утверждения новой структуры ИЭ УНЦ АН СССР в 1981 г. исследования, близкие по содержанию современной тематике Центра стратегического развития территорий, были распределены между достаточно большим числом подразделений, включая Секторы региональной организации производства и сводного регионального планирования в составе Отдела размещения производительных сил и региональной экономики, Сектор региональных программ научно-технического прогресса в составе Отдела межотраслевых региональных проблем, Секторы социологии культуры и социологии управления производством в составе Отдела эффективности общественного труда и социологических исследований. Непосредственно в 2000-е гг. предшественниками Центра являлись Отдел стратегического развития территорий Свердловской области (рук. В.С. Бочко) и Отдел экономической социологии (рук. Б.С. Павлов).

Сегодня Центром стратегического развития территорий руководит к.э.н. Е.А. Захарчук.

Центр стратегического развития территорий Основные направления научных исследований Центра: комплекс фундаментальных и прикладных исследований по формированию финансовой устойчивости и моделированию стратегического и инновационного развития территорий разного уровня, формирование научно-технической и инновационной политики, теория и методология прогнозирования социально-экономического развития монопрофильных городов и регионов, разработка системы территориальных счетов на основе СНС, механизмы развития государственно-частного партнерства, вопросы формирования финансовых потоков арктических территорий РФ, инициативное бюджетирование.

Сотрудниками Центра региональных компаративных исследований за последние годы выполнены следующие основные научные работы:
— инновационно-технологическое развитие региона: оценка, прогнозирование и пути достижения;

— инвестиционные стратегии домашних хозяйств в условиях геополитической нестабильности;
— формирование финансового фундамента развития арктических территорий РФ на основе моделирования структуры и динамики движения финансовых потоков;
— финансовые потоки Арктики: формирование, распределение и использование добавленной стоимости в условиях промышленного освоения новых пространств;
— разработка региональной балансовой модели финансовых потоков с использованием методологии Системы национальных счетов;
— система территориальных счетов: концептуальные и методологические особенности построения
в России;
— сценарный подход к моделированию матрицы финансовых потоков в региональной
территориальной системе;
— сектор «Государственное управление»: формирование финансовых балансов регионов и муниципальных образований на основе принципов Системы национальных счетов;
— сценарное проектирование модели воспроизводства инвестиционного потенциала институциональных секторов в региональной системе;
— гармонизация триады «население–власть–бизнес» как основа поступательного социально-экономического развития регионов России;
— влияние инновационной составляющей импортозамещения на экономическую безопасность региона;
— научное сопровождение разработки стратегии социально-экономического развития городского округа Верхняя Пышма на период до 2035 г.;
— научное сопровождение процесса разработки стратегий муниципальных образований, расположенных на территории Свердловской области;
— экономическое обоснование размера ставок налога на имущество физических лиц в муниципальном образовании «город Екатеринбург».

В настоящее время состав Центра входят Сектор финансового и стратегического развития (зав. Сектором к.э.н. А.Ф. Пасынков) и Сектор социальных инноваций (зав. сектором д.э.н. И.М. Голова).

Всего в центре работают 13 человек, в том числе 8 имеют ученую степень, 6 молодых исследователей.