Началом отчета научной деятельности Центра считается 1973 г., когда в Институте был сформирован Сектор темпов и пропорций экономического развития региона, преобразованный в 1975 г. в Сектор рационального природопользования (зав. сектором к.э.н., фронтовик В. И. Никулин). В 1975 г. в Институте экономики УНЦ АН СССР впервые по инициативе его первого директора д.э.н. М. А. Сергеева стали использовать такой метод научных исследований, как экспедиционные работы. В 1981 г. сформировался костяк нынешнего Центра природопользования и геоэкологии на базе Сектора проблем Уральского Севера. Вскоре в его состав вошли две тематические партии.

По предложению Института экономики (М.А. Сергеев, В.П. Пахомов) в Уральском научном центре была принята и утверждена (Постановление Президиума УНЦ АН СССР от 11 марта 1981 г.) межинститутская комплексная программа «Научные основы рационального использования природных ресурсов Уральского Севера» («Уральский Север»). В 1981–1987 гг. основным научным направлением было исследование проблем Уральского и Тюменского Севера.

В 1987 г. в секторе начали работать д.э.н. Е.М. Козаков и к.э.н. М.Н. Игнатьева, защитившая в 1991 г. докторскую диссертацию. Их появление способствовало дальнейшему укреплению имиджа сектора в Институте. В 1989 г. на базе сектора был создан Отдел комплексных проблем природопользования (рук. д.э.н. В.П. Пахомов) в составе двух секторов: Сектор комплексных проблем недропользования (зав. сектором В.П. Пахомов, позднее В.Н. Беляев) и Сектор управления природопользованием в регионе (зав. сектором д.г.н. В.В. Мороков) и двух вышеназванных тематических партий.

Основными направлениями научной деятельности сектора, а затем Отдела в 1987–1990-е гг. являлись фундаментальные исследования социально-экономических процессов, связанных с освоением ресурсов, созданием экономического механизма природопользования, охраны окружающей среды и созданием экологической безопасности в регионе. С середины 1980-х гг. сектор активно сотрудничает с администрацией Ханты-Мансийского автономного округа.

В 2001 г. Отдел состоял из двух секторов: Комплексных проблем недропользования (В. Н. Беляев) и Комплексных проблем северного природопользования (В. Г. Логинов). В 2007 г. при преобразовании Отдела в Центр названия секторов, как и самого Центра, несколько раз менялись. В настоящее время — Центр природопользования и геоэкологии. Руководит Центром д.г. — м.н., профессор А.И. Семячков.

Тематикой и направлениями исследований Центра природопользования и геоэкологии на сегодняшний день являются:
— теоретико-методологические и методические основы прогнозирования и оценки последствий воздействия горнопромышленных комплексов (ГПК) на окружающую среду;
— методологические основы комплексной оценки геоэкологической ситуации в рамках функционирования горнопромышленных комплексов;
— теоретико-методологические основы пространственного природопользования;
— социально-экономические проблемы освоения и развития северных и арктических территорий;
— теоретико-методологические основы направлений социально-экономического развития коренных малочисленных народов Севера;
— теоретико-методологические основы общественной ценности природных ресурсов;
— сбалансированность природопользования в условиях противодействия эколого-экономическим угрозам;
— методология диагностики эколого-социо-экономических угроз.

Исследования Центра в последние годы связаны с оценкой природно-ресурсного потенциала и социально-экономического развития этноса арктических территорий и обоснованием сбалансированного природопользования.

В настоящее время состав Центра входят Сектор экономико-правовых проблем недропользования (зав. сектором к. э.н. И. Г. Полянская) и Сектор регионального природопользования и геоэкологии (зав. сектором д. э.н. В. Г. Логинов).

Всего в центре работают 18 человек, в том числе 10 имеют ученую степень, 5 молодых исследователей.