Первым предшественником Центра стал Сектор политической экономии и эффективности общественного труда, образованный в 1977 г. в составе Отдела экономики и социологии труда и культуры, переименованного вскоре в Отдел эффективности общественного труда и социологических исследований, а в 1982 г. — в Отдел политической экономии социализма и социологических исследований. В 1986 г. он был переименован в Отдел экономических и социальных проблем труда и производства, а в 1990-е гг. данное подразделение ИЭ УрО РАН получило название «Отдел экономической теории». Именно этот отдел (рук. Е.В. Попов) и стал основой Центра экономической теории. Помимо него в состав Центра вошёл Отдел экономической конъюнктуры УрФО (рук. С.Г. Важенин).

Настоящий этап развития Центра может быть охарактеризован как период формирования методологии и методики институционального моделирования применительно к развитию цифрового общества.

С 2020 г. Центр экономической теории возглавляет к.э.н. М.В. Власов.

Произошла корректировка общей проблематики исследований, и к общему перечню направлений добавился анализ проблем развития человеческого капитала. В этом факте вновь подтвердилась общая тенденция к приоритетному изучению гуманитарных аспектов теоретического знания в области экономики. Так, на базе исследований практического характера (моделирование межфирменных взаимодействий, развития умных городов и долевой экономики и т. д.) совершенствовался современный аппарат институциональной экономической теории, активно применяемый в Институте экономики УрО РАН.

Проводятся исследования, связанные с историческими аспектами экономического анализа.

К основным результатам научной работы Центра можно отнести следующее:
— разработана теория институционального моделирования, основное 

содержание которой состоит в отражении закономерностей развития общества с позиций институционального экономического мышления;
— сформулированы научные идеи трансакционной теории экономических институтов, разработан формализованный вид экзогенной трансакционной функции фирмы;
— создана методика определения трансакционных издержек по бухгалтерской отчётности;
— разработана типология методик оценки трансакционного сектора экономики;
— создана классификация экономических институтов в координатах «экзогенность/эндогенность — работник/предприятие» и определены факторы управления оппортунизмом агентов в рамках теории принципала-агента;
— предложена гипотеза существования жизненного цикла экономического института и эмпирически доказана волнообразность временной динамики трансакционных издержек.

В настоящее время состав Центра входят Сектор институциональной экономики (зав. сектором д. э.н. Т. И. Волкова) и Сектор территориальной конкуренции (зав. сектором к. э.н. С.Г. Важенин).

Всего в центре работают 20 человек, в том числе 14 имеют ученую степень, 6 молодых исследователей.

Сотрудники центра:
• заведующий сектором Институциональной экономики, д.э.н. Волкова Т.И.
• главный научный сотрудник, к.э.н., д.соц.н, Кирдина-Чэндлер (Кирдина) С.Г.
• старший научный сотрудник, д.э.н. Паникарова С.В.
• старший научный сотрудник, к.э.н. Семячков К.А.
• научный сотрудник, к.э.н. Тухтарова Е.Х.
• ведущий научный сотрудник, д.э.н. Дятел Е.П.
• старший научный сотрудник, к.э.н. Веретенникова А.Ю.