Филиал начинался как Сектор народного хозяйства Курганской области, образованный в составе Института экономики УрО АН СССР в 1987 г. Следует отметить, что появление в Зауралье академического подразделения экономического профиля во многом было заслугой первого руководителя сектора, д.э.н., профессора Василия Ивановича Ефименкова, поднимавшего этот вопрос перед региональными органами власти и управления, начиная с 1960-х гг.

Возникнув в годы «перестройки», сектор включился в работку над актуальными в тот период проблемами, включая вопросы совершенствования хозяйственного механизма и внедрения территориального хозрасчета, развития научно-технического потенциала области, компьютеризации народного хозяйства Зауралья и т. д. В частности, на основе оценки имеющегося информационно-вычислительного потенциала области были определены возможности создания территориальных баз данных и компьютерных сетей. Одним из творческих успехов подразделения в 1990-е гг. стала разработка «Схемы развития и размещения производительных сил Курганской области в условиях перехода на рыночные отношения», удостоенная в 1997 г. поощрительной премии Губернатора Курганской области в сфере науки и техники. В дальнейшем был продолжен научный поиск путей вывода народного хозяйства Курганской области из депрессивного состояния. Помимо этого, филиал внёс существенный вклад в создание в Кургане полноценного научного центра в составе Уральского отделения РАН.

В настоящее время директором Курганского филиала ИЭ УрО РАН является д.э.н., профессор С.Н. Орлов.

Основное научное направление филиала — разработка модели социальной и экономической адаптации населения региона в условиях перехода к динамичному развитию. Актуальность исследований в рамках направления обусловлена возрастающими глобальными и внутренними 

региональными вызовами, спецификой приграничного характера  территории Курганской области. Теоретико-методологические результаты исследования включают разработку концепции адаптации населения с использованием междисциплинарного подхода к определению особенностей моделей адаптации населения к происходящим динамичным изменениям внешней среды и развивающей научные представления о факторах, влияющих на адаптационные процессы, что служит основой для дальнейшего исследования социально-экономических форм адаптации населения.

Прикладные результаты состоят в возможности ис¬пользования результатов исследования органами государственной и муниципальной власти в повышении результативности реализации стратегий социально-экономического и пространственного развития страны и региона.

Сотрудниками Курганского филиала за последние годы выполнены следующие основные научные работы:
— схема развития и размещения производительных сил Курганской области;
— социально-гуманитарные аспекты преобразования экономической системы в условиях смены технологических укладов;
— моделирование функциональной зависимости параметров и свойств экономической системы от уровня технологических знаний;
— модели социальной и экономической адаптации населения региона в условиях перехода к динамичному развитию;
— институциональные модели и факторы социальной и экономической адаптации населения региона в условиях перехода к динамичному развитию.

В филиале работают 8 человек, ученая степень имеется у 4 сотрудников, 2 молодых исследователя.